Le seigneur Lothar se joignit aux survivants de l'armée d'Azeroth, après leur défaite au Donjon de Hurlevent, puis organisa un exode massif par la mer en direction du royaume au nord de Lordaeron. Convaincu que la Horde réussirait à soumettre l'humanité tout entière si personne ne l'arrêtait, les rois des sept nations humaines se réunirent pour se mettre d'accord et s'unifier dans ce qu'ils appelleraient plus tard l'Alliance de Lordaeron. Pour la première fois depuis presque trois mille ans, les nations disparates d'Arathor étaient de nouveau réunies sous une bannière commune. Au titre de Commandant suprême des forces de l'Alliance, le seigneur Lothar prépara son armée à recevoir la Horde.

Conseillé par ses lieutenants Uther le Porteur de Lumière, l'amiral Daelin Portvaillant et Turalyon, Lothar put ainsi convaincre les races semi-humaines de Lordaeron de la menace imminente. L'Alliance parvint à gagner la confiance des stoïques nains de Forgefer et d'un petit nombre de hauts-elfes de Quel'Thalas. Les elfes, dont le chef était à ce moment Anasterian Haut-soleil, étaient tout à fait indifférents quant au conflit qui se préparait. Cependant, ils avaient une dette envers Lothar puisqu'il était le dernier descendant de la lignée des Arathis, qui avaient aidé les elfes quelques siècles auparavant.

La Horde, dont le chef était désormais Marteau-du-destin, amena les ogres de sa terre natale de Draenor et engagea dans son armée les trolls des forêts désormais libres de l'empire Amani. Entreprenant dans une campagne massive d'envahir le royaume nain de Khaz Modan et les confins méridionaux de Lordaeron, la Horde décima toute opposition sans ménager ses efforts.

Les batailles épiques de la Seconde guerre allaient d'escarmouches navales à grande échelle à des combats aériens dantesques. Cependant, la Horde réussit à trouver un puissant artefact, l'Âme du démon, dont elle usa pour asservir l'ancienne reine des dragons, Alexstrasza. Menaçant de détruire ses précieux œufs, la Horde força Alexstrasza à envoyer ses plus grands enfants à la guerre. Les nobles dragons rouges furent sommés de se battre pour la Horde, et c'est effectivement ce qui se produisit.

La guerre fit rage à travers les continents de Khaz Modan, Lordaeron et Azeroth. Comme prévu dans le déroulement de leur campagne au Nord, la Horde parvint à réduire en cendre les régions limitrophes de Quel'Thalas, et de cette façon à garantir que les elfes finiraient par se rallier à la cause de l'Alliance. Les plus grandes villes et cités de Lordaeron furent rasées et dévastées par le conflit. Malgré l'absence de renforts et les pires obstacles à surmonter, Lothar et alliés parvinrent à tenir leurs ennemis en échec. Cependant, pendant les derniers jours de la Seconde guerre, alors que la victoire de la Horde sur l'Alliance ne semblait plus faire de doute, une querelle terrible éclata entre les deux orcs les plus puissants d'Azeroth. Alors que Marteau-du-destin préparait son assaut final contre la capitale de Lordaeron – un assaut qui aurait écrasé les derniers vestiges de l'Alliance - Gul'dan et ses partisans abandonnèrent leur poste et prirent la mer. Marteau-du-destin, perplexe, ayant perdu presque la moitié de son contingent à cause de la traîtrise de Gul'dan, fut forcé de battre en retraite et de renoncer à sa plus grande chance de victoire sur l'Alliance.

Assoiffé de pouvoir, Gul'dan, qui voulait absolument atteindre non moins que la divinité, se mit à la recherche désespérée de la tombe sous-marine de Sargeras qu'il pensait détenir les secrets de l'ultime pouvoir. Gul'dan, qui avait déjà fait soumettre ses congénères orcs pour devenir les esclaves de la Légion ardente, ne pensait plus à ses supposés devoirs envers Marteau-du-destin. Soutenu par les clans de Tisse-foudre et du Marteau du crépuscule, Gul'dan parvint à renflouer la tombe de Sargeras des fonds abyssaux. Pourtant, lorsqu'il ouvrit l'ancien caveau envahi par les eaux, il n'y trouva que des démons fous.

Cherchant à punir les orcs indisciplinés pour leur traîtrise lourde de conséquences, Marteau-du-destin envoya ses forces tuer Gul'dan et ramener les renégats dans son giron. Pour son imprudence, Gul'dan fut lacéré à mort par les démons fous qu'il avait libérés. Leur chef étant mort, les clans renégats tombèrent rapidement devant les légions enragées de Marteau-du-destin. Même si la rébellion avait été réprimée, la Horde était incapable de compenser les terribles pertes auxquelles elle avait dû faire face. La trahison de Gul'dan n'avait pas seulement permis à l'Alliance de reprendre espoir, elle avait aussi gagné du temps pour se regrouper et riposter.

Le seigneur Lothar, voyant que la Horde se perdait en luttes intestines, rassembla ses dernières forces et repoussa Marteau-du-destin au Sud, vers le bastion en ruine de Hurlevent. Là, les forces de l'Alliance piégèrent la retraite des orcs à l'intérieur de la forteresse volcanique du Pic Rochenoire. Bien que le seigneur Lothar ait péri pendant la bataille au pied du Pic, son lieutenant, Turalyon, rallia les forces de l'Alliance à la dernière minute et refoula la Horde dans les épouvantables Marais des chagrins. Les forces de Turalyon parvinrent à détruire la Porte des ténèbres, le passage mystique qui connectait les orcs à Draenor, leur patrie. Coupée de ses renforts et éclatée de toute part par les luttes internes, la Horde finit par sombrer et tomber devant la puissance de l'Alliance.

Les clans orcs, éparpillés, furent rapidement encerclés et enfermés dans des centres d'internement sous bonne garde. Bien que la défaite sans appel de la Horde ne semblait faire aucun doute, certains demeuraient extrêmement sceptiques quant à l'instauration d'une paix durable. Khadgar, désormais archimage de renom, convainquit le haut commandement de l'Alliance de bâtir sur les ruines de la Porte des ténèbres la forteresse de Rempart-du-Néant qui servirait de poste de vigie et pourrait empêcher une nouvelle invasion de Draenor.